По словам муфтия ДУМС Зулькарная Шакирзянова, еще недавно в исторической Красной мечети Томска размещалось предприятие по разливу водки и алкогольных напитков. Мечеть, побывавшая винокурней, считается оскверненной, в ней, по его словам, нельзя проводить службы. Недавно мэрия Томска передала здание в собственность Казыятского управления мусульман Томской области. Как объяснили корреспонденту «ДО-инфо» в омском ДУМ, фактически мечеть отдали Духовному управлению мусульман Азиатской части России — «параллельному» муфтияту, возглавляемому шейхом Нафигуллой Ашировым. После передачи им Красной мечети из нее, по словам Зулькарная Шакирзянова, ушли почти все верующие и остались только таджикские беженцы.
ДУМС обратилось в Законодательное собрание и к губернатору Томской области Виктору Крессу с заявлением о том, что построенная в 1904 году и очень значимая для мусульман мечеть была осквернена и требует ремонта. В частности, необходимо восстанавливать демонтированный в годы советской власти минарет. Как сообщил муфтий Зулькарнай Шакирзянов, во время недавнего визита в Томск он встретился с томским губернатором и вновь попросил его вернуть Красную мечеть Духовному управлению мусульман Сибири. Виктор Кресс, по словам муфтия, пообещал, что «после ремонта мечети посмотрит, кому ее отдать».
По мнению некоторых наблюдателей, распространение информации о том, что муфтий Зулькарнай Шакирзянов препятствует возвращению Красной мечети мусульманам, свидетельствует о продолжении политики разделения верующих, начатой созданием альтернативных Духовных управлений мусульман.